Nachdem die Ninja mit vereinten Kräften die verfluchte Welt zerstört und damit Ninjago gerettet haben, erfahren sie ungeahnte Berühmtheit durch die Medien. Allerdings bedroht erneut eine dunkle Kraft den Frieden in Ninjago: Nadakhan, der böse Dschinn und Kapitän der berüchtigten Luftpiraten, wurde befreit und will mit seiner Mannschaft nun Ninjago zerstören, denn Nadakhans altes Reich Djinjago wurde ebenfalls durch die Ninja zerstört. Um seine Rachepläne umzusetzen, nutzt der Dschinn die verborgenen Wünsche der Ninja.