Egal welche Festplatte an dem Raspberry hängen, ohne zu wissen wann die Festplatte(n) in den Ruhezustand sollen werden sie weiter laufen.
Da Raspbian das nicht von haus aus unterstützt musst du die Funktion nachinstallieren. Dafür gibt es Programme wie "hdparm" oder "hd-idle" welches Programm du benutzen musst gilt es auszuprobieren (ich arbeite mit hd-idle da meine Seagate HDD nicht mit hdparm kompatible ist). Einfach mal Google anschmeissen und nach hdparm und hd-idle suchen.