Die Brüder kehren zurück in einem brandneuen Abenteuer auf hoher See. Setze mit Mario und Luigi die Segel Richtung Kapitarbora (halb Schiff, halb Insel) und bereise die weite Welt von Konektania. Lass dich aus einer Kanone auf Kapitarbora zu Inseln katapultieren mit tropischen Regenwäldern bis hin zu geschäftigen Städten, erkunde sie und bestehe Abenteuer. Triff neue Freunde auf deinem Weg, wie Connetta und Wattz (mitnichten ein Schwein), und begegne wohlbekannten Charakteren des Pilz-Königreichs wie Peach und Bowser, die dir möglicherweise auf deiner Reise helfen. Du verlässt dich dabei auf die brüderlichen Bande zwischen Mario und Luigi. Setze Brüderaktionen ein, um Hindernisse während deiner Entdeckungsreisen zu überwinden, und mächtige, dynamisch abwechselnde Paar-Attacken in rundenbasierten Kämpfen. Du wirst die volle Bandbreite dieser Bruderschaft brauchen, um Erfolg zu haben.